但是，在能量洪流的干扰下，星图发生了巨大的改变，“天工号”在宇宙中迷路了。更糟糕的是，银河联邦在能量洪流的冲击下不复存在，残余的星球成立了银河帝国，并要求无条件收编原银河舰队。天工号作为高贵的“自由民”拒绝了帝国的要求，继续着自己的使命。从冷冻仓苏醒的玩家们，将作为天工号的主战力量，去面对即将到来的危险，比如虫族的入侵。
天工号遭遇虫族入侵
在压制住异形后，银河帝国的敌舰跃迁到达了，并发出了最后通牒，立即投降或者立即被击坠。“天工号”全员投票拒绝了最后通牒，原银河舰队中那些曾经并肩作战的战友终于变成了帝国舰队手足相残的敌人。
“不自由，毋宁死”——“天工号”派克将军
“不自由，毋宁死”——为了延续独一无二的星舰文明“天工号文明”，玩家们肩负起了新的使命——带着基因与种子，在派克将军和众船员的掩护下，乘坐小型宇宙飞行器离开。
“天工号”内部小型飞行器登陆舱
即将起航的小型飞行器
